Năm 1993 Nagitta-Musoke gia nhập Trường Luật của Đại học Makerere trong khoa Luật và Pháp luật. Bà dạy và có các mối quan tâm nghiên cứu bao gồm Luật Nhân đạo Quốc tế, Luật Thương mại Quốc tế (đặc biệt là Tài chính và An ninh) và Luật Bằng chứng và Cơ quan.[4] Các tác phẩm của bà chủ yếu nằm trong lĩnh vực Nhân quyền, đặc biệt là quyền của phụ nữ trong các khu vực xung đột và hoàn cảnh của người khuyết tật. Naggitta-Musoke là giáo sư thỉnh giảng tại Trung tâm Nghiên cứu Pháp lý Toàn cầu của Đại học Wisconsin – Madison.[2] Từ năm 2012, bà là Hiệu trưởng của Trường Luật tại Đại học Makerere. Bà hiện là thành viên của nhóm Luật và Luật pháp nằm trong Ủy ban biên tập cho Tạp chí Hòa bình và Nhân quyền Đông Phi.[5]